Мутко был избран президентом РФС в сентябре 2015 года сроком на один год, а затем переизбран в 2016 году на четыре года. Алаев с 2013 года занимает пост генерального директора.
По мнению Международного олимпийского комитета, Виталий Мутко является одним из виновников допингового кризиса в России. Чиновник, занимавший с 2012 по 2016 год должность министра спорта РФ, участвовал в подготовке Олимпиады в Сочи. На международных соревнованиях российская сборная завоевала 33 награды, но в этом году была лишена 13 из них. МОК пожизненно отстранил российских спортсменов, обвиненных в нарушении допинговых правил, от участия в Олимпийских играх, запретил Виталию Мутко посещать Олимпиаду и лишил нашу сборную возможности поехать на соревнования в Пхенчхане под российским флагом.
После того как МОК заявил о недопуске россиян на Олимпийские игры — 2018, деятели и звезды отечественного шоу-бизнеса призвали Мутко уйти в отставку. За увольнение чиновника высказались телеведущая Ксения Собчак, актриса Марина Федункив, депутат Госдумы от КПРФ Валерий Рашкин, депутат Оксана Пушкина и многие другие. В ответ чиновник заявил, что готов уйти в отставку в любой момент, «если это на пользу кому-то будет и нужно».
Как пишет «Коммерсант», чемпионат мира по футболу — 2018 может повторить сценарий с Олимпиадой в Южной Корее. В FIFA поступил список Всемирного антидопингового агентства с фамилиями российских футболистов, чьи пробы показались подозрительными.
В настоящее время Мутко занимает должность заместителя председателя правительства Российской Федерации по вопросам спорта, туризма и молодежной политики.